Nach der Vernichtung der mongolischen Yuan-Dynastie durch die Ming sahen sich die mongolischen Adligen, die eine kleine Minderheit bildeten, gezwungen, sich aufs mongolische Steppenland zurückzuziehen, während die meisten Mongolen aber in Zentralchina wie in den heutigen Provinzen Hebei, Shanxi, Shaanxi, Henan, Gansu und Yunnan blieben und dort genau wie die Han die landwirtschaftliche Produktion betrieben.

Um eventuelle Überfälle von Seiten der nördlichen Mongolei zu verhindern, richtete die Ming-Regierung an der nördlichen Grenze Grenzschutzstationen ein, und ab 1473 wurde eine mehr als 800 km lange Mauer als Verteidigungsanlage angelegt, und in späteren Jahren wurden weitere Abschnitte der Mauer mit einer gesamten Länge von mehr als 1000 km errichtet. Alle diese Bauwerke sind bis heute erhalten - das ist die weltberühmte Große Mauer der Ming-Zeit, heute eine touristische Attraktion.

Die wirtschaftlichen Beziehungen zwischen der mongolischen und der Han-Nationalität sowie die Handelsbeziehungen zwischen den mongolischen Gebieten und dem chinesischen Landesinnem wurden nie unterbrochen und in der späteren Ming-Dynastie immer reger.

Die Ming-Regierung richtete in Tibet, damals Dbus-Gtsang genannt, das Dbus-Gtsang-Garnisonskommando ein, dem alle Militärämter in diesem Gebiet unterstanden. Während der Ming-Dynastie führte Tsong Khapa (1357-1419) in Tibet eine religiöse Reform durch und begründete die Gelbe Sekte des Buddhismus. Zwischen 1407 und 1414 wurde eine Poststraße zwischen dem Landesinnem und Tibet eröffnet, und die Verbindung zwischen Tibet und dem Landesinnem wurde immer reger.

In den Einzugsgebieten der Flüsse Heilongjiang und Songhuajiang in Nordostchina lebten in der Ming-Zeit hauptsächlich die Nüzhen, die die Vorgänger der Mandschu waren. Im Jahr 1409 richtete die Ming-Regierung das Nurkan-Garnisonskommando in Telin ein, dort, wo der Heilongjiang ins Meer mündet. Es verwaltete ein sehr weites Gebiet, das wiederum in verschiedene Wehrbereiche eingeteilt wurde, die dem Nurkan-Garnisonskommando unterstanden.

Im Gebiet Xinjiang in Nordwestchina lebten die Uiguren und einige andere nationale Minderheiten. Auch in diesem Gebiet richtete die Ming-Regierung acht Wehrbereiche ein.

In den heutigen Provinzen Yunnan und Guizhou lebten zahlreiche nationale Minderheiten wie die Miao, die Yao und die Yi, und die Ming-Regierung setzte zuerst das während der Yuan-Dynastie eingeführte System der Selbstverwaltung fort, nach dem die Bezirke, Unterbezirke und Kreise von Führern dieser ethnischen Minderheiten regiert wurden. Später wurden solche Beamten direkt von der Zentralregierung ernannt, abberufen und versetzt.

Die Ming-Regierung richtete wie ihre Vorgängerin ein Inspektionsamt in Penghu ein, das die Jurisdiktion über Taiwan und Penghu ausübte.

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