 Das Gebiet um Olympia und der Bereich des Heiligtums selbst war schon in frühhelladischer Zeit (ab 3000 v.Chr.) bewohnt. Bis zu Beginn des zweiten Jahrtausends wurde dort außer Rhea und Kronos eine weibliche Gottheit der Fruchtbarkeit, die Demeter Chamyne verehrt.
In mykenischer Zeit (1.600-1.100 v.Chr.) gehörte es zum Königreich Pisatis, dessen Hauptstadt Pisa war.
Der Sage nach, in der sich vermutlich Erinnerungen an historische Begebenheiten erhalten haben, hatte Pelops, aus Lydien kommend, im Wagenrennen den in Pisa herrschenden König Oinomaos besiegt und so dessen Tochter Hippodameia und mit ihr die Herrschaft über das Königreich gewonnen. Er wurde zum Stammvater des Atridengeschlechts, das später in Argos herrschte, und gab schließlich der ganzen Halbinsel seinen Namen: Peloponnesos, Insel des Pelops.
Gegen Ende der mykenischen Zeit (1.100 v.Chr.) übernahmen die Elier, die im Zuge der Dorischen Wanderung von Norden eingedrungen waren, die Herrschaft über Olympia und die umliegenden Lande. Mit ihnen kam der Zeuskult und die Benennung des Heiligtums nach dem Götterberg Olymp in Thessalien. Wie die Griechen glaubten, waren es die olympischen Götter selbst gewesen, die sich hier zum erstenmal im Wettkampf massen. Damals habe Zeus seinen Vater Kronos im Ringkampf besiegt, während Apollon im Faustkampf über Ares und im Wettlauf über Hermes siegreich gewesen sei.
Etwa zur gleichen Zeit habe Herakles die Olympischen Spiele begründet, indem er Ort und Abmessungen des ersten Stadions bestimmte, wo zunächst nur der Wettlauf ausgetragen wurde. Der Sieger erhielt einen Kranz aus den Zweigen des wilden Ölbaums (Kotinos), den Herakles aus dem Land der Hyperboreer, dem Sitz des hyperboreischen Apoll, mitgebracht und eigenhändig in Olympia eingepflanzt hatte.
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