Die Qinghai-Tibet-Eisenbahn ist die bislang längste Hochlandseisenbahn der Welt. Bei deren Bau hat man dem Umweltschutz und dem ökologischen Gleichgewicht große Bedeutung beigemessen. So stehen die ökologischen Systeme hinsichtlich der Hochebene, der Bodenvegetation, der Hochseen sowie der Feuchtgebiete erfolgreich unter effektivem Schutz. Das Prinzip, mit der Streckenführung den Naturschutzzonen möglichst zu umgehen, ist von vornherein streng umgesetzt worden. Eventuelle Schäden der Bodenvegetation sollen möglichst verhindert werden.

Man hat zudem auch Vegetationen auf Flächen, die für den Eisenbahnbau benutzt wurden, wieder hergestellt. Wissenschaftler und Forscher haben mittels moderner Techniken zerstörten Boden erfolgreich wieder mit Pflanzen bedeckt. Die Kosten für die Rasenplattenverlegung entlang der Eisenbahnlinie belaufen sich auf über 200 Millionen Yuan RMB. Mehrere zehn Millionen Quadratmeter große Flächen sind heute wieder grün.

Um die Gassteppe im Norden des Autonomen Gebietes Tibet zu schützen, haben die Eisenbahnbauer auf Berghöhen von 4.300 bis 4.500 Metern über dem Meeresspiegel Rasenplatten angepflanzt beziehungsweise verlegt. Das ist für die Wiederherstellung des ökologischen Gleichgewichts entlang der Eisenbahnlinie zwischen Qinghai und Tibet von äußerst wichtiger Bedeutung.

Bei der Verlegung von Rasenplatten haben die Erbauer der Eisenbahn zudem auch die als "Nieren der Hochebene" bezeichnete Feuchtregion effektiv geschützt. Im Interesse der Öko-Systeme in den Quellregionen der Flüsse und Seen hat man auf Strecken, die die Feuchtregionen durchziehen, viele kleine Überführungen und Brücken angelegt. Man hat aber auch auf der Trasse mit Drainagen gearbeitet, die das Wasser filtern können. Dadurch werden die Wasserressourcen in der Feuchtregion durch oberirdische Wasserläufe ergänzt und eine Verkleinerung der Feuchtböden verhindert. Die Frage des Wasserschutzes ist damit gelöst. Gegen Umweltbelastung durch Abfälle und Bauschutt hat man auch viel getan. Abwässer werden nach Aufbereitung zur Befeuchtung von Grünanlagen oder zur Staubreduzierung noch einmal verwendet. Auf keinen Fall wird dieses aufbereitete Abwasser wieder in Flüsse oder in Seen geleitet, was einer Wasserverschmutzung effektiv vorbeugt.

Was den Schutz der Hochlandsseen angeht, zählen die Schutzmaßnahmen für den Cuona-See zu den erfolgreichen Beispielen beim Bau der Qinghai-Tibet-Eisenbahn. Der Cuona-See im Kreis Anduo hat eine Fläche von insgesamt mehr als 400 Quadratkilometern. Mit seinem glasklaren Wasser und seiner schönen Landschaftseinbettung wird der See von den lokalen Bewohnern als "heiliger See" verehrt. Über 40 Kilometer der Hochlandseisenbahn schlängelt sich dem Ufer des schönen Sees entlang. Die Bauarbeiter haben hier einen Schutzwall aus Sandsäcken errichtet und mit einer Menge Rasenplatten abgedeckt. Zudem wurde hier eine Beobachtungsstation für Aktivitäten seltener wildlebender Hochlandstiere errichtet. Auch das Wasser des Sees wird ständig auf Verunreinigungen kontrolliert. Mit all diesen sorgfältigen Maßnahmen wird der See effektiv geschützt.