Die berühmten Fossilien des Peking-Menschen wurden vor ihrem Verschwinden stets im Safe des Peking Union Medical College Krankenhaus aufbewahrt.

Kurz vor Ausbruch des Pazifik-Krieges bezweifelte der berühmte Anthropologe Wei Dunrui, der sich intensiv mit der Erforschung dieser Fossilien beschäftigte, die Sicherheit des Xiehe-Krankenhauses. Er schlug vor, die Fossilien in die USA zu schaffen. Zwei oder drei Wochen vor dem Angriff auf Pearl Harbour ließ der Direktor der Abteilung für allgemeine Angelegenheiten im Xiehe-Krankenhaus, Bowen, plötzlich die Fossilien in Kisten verpacken. Es wurden fünf Schädel, 15 Schädelsplitter, 14 Unterkiefer und 147 Reste von Schlüsselbeinen, Oberschenkelknochen, Oberarmknochen und Zähnen sorgfältig verstaut und in zwei große Holzkisten geladen. Die Kisten wurden in die US-Botschaft gebracht und sollten später, bewacht von der amerikanischen Marineinfanterie, in die USA transportiert werden. Seitdem werden diese äußerst wertvollen und weltweit bekannten Fossilien des Peking-Menschen vermisst und scheinen auf mysteriöse Weise verschwunden.

Manche sagen, die Fossilien wären in Qinhuangdao auf das Postschiff "Präsident Harrison" transportiert worden und das Schiff sei am Weg in die USA gesunken. Manche sagen, das Postschiff wäre von japanischen Truppen gekapert und die Fossilien erbeutet worden. Die Fossilien wären dann in fremde Hände gelangt und seitdem vermisst.

Nach Ende des Zweiten Weltkriegs suchten die US-Truppen in Japan umfassend nach den Fossilien, allerdings ohne Erfolg. 1972 setzte ein reicher amerikanischer Kaufmann namens Janius eine hohe Belohnung für das Auffinden der Fossilien aus. Es gingen zwar mehrere Hinweise ein, aber die Fossilien des Peking-Menschen wurden nicht gefunden. 1970 rief eine Frau aus New York den Wissenschaftler Christopher, der sich intensiv mit der Suche nach den Fossilien beschäftigte, an und behauptete, dass ihr Mann vor seinem Tod die Fossilien des Peking-Menschen archiviert hätte. Professor Howells von der Harvard-Universität untersuchte die von ihr gelieferten Fotos und stellte fest, dass die Gegenstände tatsächlich Fossilien des Peking-Menschen waren. Aber kurz danach verlor Christopher die Verbindungen zu dieser Frau. 1991 erhielt der Historiker und Offizier der US-Marine Brown einen Brief von Dr. Frey, der wegen des Verschwindens der Fossilien hinter Gittern saß. In dem Brief meinte Dr. Frey, dass er bereits Kontakt zu der Frau, die die Fossilien des Peking-Menschen aufbewahrt, aufgenommen habe. Er hoffe, möglichst bald das Rätsel zu lösen. Bedauerlicherweise starb Dr. Frey im Herbst 1992.

Ende 1970 erschien in der Zeitung "New York Times" eine Anzeige von einem "Dr. William", wonach er drei Vermutungen in bezug auf den Verbleib der Fossilien des Peking-Menschen hätte: Entweder die Fossilien seien im Hause eines Freundes in Tianjin aufbewahrt oder sie seien im von Franzosen errichteten Pasteur-Forschungsinstitut in Tianjin zu finden oder die dritte Möglichkeit wäre, dass sie sich in der von Schweizern gegründeten Handelsfirma Berley in Tianjin befänden. Daraufhin richtete das Amt für öffentliche Sicherheit in Tianjin für diesen "streng geheimen Fall" einen Untersuchungsausschuss ein, der später diese Spuren widerlegte. Während der Kulturrevolution wurde eine Broschüre veröffentlicht, die behauptete, dass die Fossilien gar nicht aus China transportiert worden wären, allerdings wurde der Autor dieser Broschüre nicht identifiziert. Vor Kurzem entdeckte der chinesische Anthropologe Zhou Guoxing nach mehrjährigen Untersuchungen eine neue Spur: Vor dem Angriff auf Pearl Harbour hätte ein Wachsoldat an einer Seitentür zwischen dem Hauptquartier der US-Marineinfanterie und der amerikanischen Botschaft gesehen, dass zwei Personen eine Kiste getragen und sie im Hinterhof der Botschaft vergraben hätten. Er vermutete die Fossilien des Peking-Menschen in dieser Kiste. Zhou Guoxing hat diesen Ort bereits lokalisiert, allerdings wurden dort schon mehrere Häuser errichtet und es lassen sich daher keine Ausgrabungen vornehmen.

Die Fossilien des Peking-Menschen sind seit mehreren Dutzend Jahren vermisst und wurden bis jetzt nicht gefunden. Premier Zhou Enlai sagte vor seinem Tod: "Die Fossilien des Peking-Menschen sind von China an die USA zur Aufbewahrung übergeben worden und wurden unter der Obhut der Amerikaner verloren. Wissenschaftler, die Gewissen haben, sollen sie finden und zurückholen!"