1206 n. Chr. errichtete Dschingis Khan (chin.: Tiemuzhen) das Mongolische Reich. 1271 legte sein Enkel Kublai die Dynastiebezeichnung als Yuan fest. 1279 vernichtete die Yuan-Dynastie die Südliche Song-Dynastie endgültig und machte Dadu (das heutige Beijing) zur Hauptstadt.

Die Mongolen lebten ursprünglich in den Gebieten nördlich der großen Wüsten. Tiemuzhen besiegte nach und nach alle Stammesfürsten, vereinigte das Mongolische Reich und nannte sich fortan Dschingis Khan. Zuvor führten die mongolischen Truppen schon Expeditionen nach Westen bis Mittelasien, Osteuropa und Persien. Dieses große Khanat mit Hehlin (das heutige Harhehlin des Staats Mongolei) als Zentrum, das sich von Europa bis Asien spannte, wurde bald wieder in mehrere unabhängige Khanate gespalten. Nominell wurde der mongolische Kaiser weiter als Khan bezeichnet.

Die nördlichen Gebiete der Yuan-Dynastie wurden durch die langen Kriegswirren schwer zerstört. Der Yuan-Kaiser Shizu förderte die Erschließung von Neuland und die Regulierung des Gelben Flusses.

Während der Tang-, Song- und Yuan-Dynastie galt China weltweit als das höchst entwickelte Land, dessen Wirtschaft und Kultur großen Einfluss auf die Nachbarländer ausübte. In dieser Periode kamen oft Gesandte, Kaufleute und Gelehrte verschiedenster Länder nach China und die Kontakte zwischen China und dem Ausland waren äußerst rege. In der Yuan-Dynastie waren die Gesandten und Kaufleute, die zwischen Osten und Westen verkehrten, zahlreicher denn je zuvor. Die Yuan-Dynastie pflegte auch Verbindungen zu Japan und den südostasiatischen Ländern. Auf dem Meer zwischen China und Indien waren zahlreiche chinesische Schiffe zu sehen. Die drei großen chinesischen Erfindungen, Buchdruck, Schießpulver und Kompass, wurden während der Yuan-Dynastie über Arabien nach Europa gebracht. Astronomie, Medizin und Arithmetik wurden aus dem arabischen Raum nach China eingeführt und der Islam verbreitete sich stetig. Neben den Seerouten gab es auch Landwege über Yunnan auf die arabische Halbinsel. Die chinesischen Porzellanwaren, die nach Ostafrika transportiert wurden, wurden sogar in Marokko abgesetzt. In 1275 n. Chr. kam Marco Polo, Sohn eines Kaufmanns aus Venedig, zusammen mit seinem Vater nach China und lebte 17 Jahre im Land. Das von ihm verfasste Werk "Beschreibungen einer Reise" (Il Milione), gehörte mehrere Jahrhunderte lang zu den wichtigsten im Westen bekannten Beschreibungen über China und Asien.

Im kulturellen Bereich gilt die Yuan-Oper als herausragendste Kunstform, zu deren wichtigsten Verfassern u.a. Guan Hanqing, Wang Shifu, Bai Pu und Ma Zhiyuan gehörten. "Die Ungerechtigkeit von Dou'e" und "Die Geschichte über das westliche Flügelzimmer" zählten zu bedeutendsten Yuan-Opern.

Die von den Mongolen errichtete Yuan-Dynastie unterdrückte die Han-Chinesen und beutete sie aus, was enormen Widerstand hervorrief. Ab 1333 n. Chr. brachen landesweit Bauernaufstände aus. 1351 zettelten die "Roten Turbane" (Bauarbeiter, die den Gelben Fluss regulierten und als gemeinsames Kennzeichen ein rotes Kopftuch trugen) einen Aufstand an. 1341 n.Chr. griff der Führer der "Roten Turbane" in Haozhou, Zhu Yuanzhang, mit der Losung "Die Fremden zu verjagen und China wiederzugewinnen" die Hauptstadt Dadu an. Die Yuan-Dynastie wurde somit gestürzt und die Ming-Dynastie errichtet.