US-Präsident George W. Bush billigte im Februar die Gründung eines US-Militärhauptquartiers in Afrika. Anfang Oktober gab das US-Militär dann zwar die Gründung eines Hauptquartiers in Afrika bekannt, allerdings gab es bei der Wahl eines geeigneten Standortes Probleme, da ein US-Hauptquartier innerhalb des eigenen Landes von vielen afrikanischen Staaten entschieden abgelehnt wurde. Die nordafrikanischen Länder Algerien, Marokko und Libyen, das ostafrikanische Uganda sowie die 14 Mitgliedsländer der Südafrikanischen Entwicklungsgemeinschaft veröffentlichten dazu eine gemeinsame Stellungnahme. Darin hieß es, keines der Länder werde die Stationierung eines US-Militärhauptquartiers genehmigen und auch nicht zu einer permanenten Militärbasis der US-Truppen werden.

Der geplante Aufbau eines militärischen Hauptquartiers der USA in Afrika hat unter den afrikanischen Ländern Mißtrauen ausgelöst. Vor allem besteht Sorge um den Verlust der Vollständigkeit der staatlichen Souveränität. Auch sind viele Regierungen der Ansicht, dass sich die USA nach dem Aufbau des Militärhauptquartiers und der Stationierung von Truppen in die inneren Angelegenheiten der afrikanischen Länder einmischen wollen. Daher fürchten viele neben dem Verlust der staatlichen Souveränität auch den Verlust über die Kontrolle der natürlichen Ressourcen.

Zudem sind viele Politiker in Afrika der Ansicht, dass der Aufbau eines militärischen Hauptquartiers mehr aus Eigeninteresse der USA vorgesehen sei. Zahlreiche Politiker in den USA bestreiten dies zwar und sprechen viel über die kooperative Partnerschaft zwischen den USA und Afrika. Trotzdem sollte man nicht übersehen, dass der afrikanische Kontinent 2006 den Nahen Osten übertroffen hat und zum größten Erdölfördergebiet der Welt geworden ist. Täglich importieren die USA etwa 1,5 Millionen Barrel Erdöl aus Nigeria, Angola und anderen afrikanischen Ländern. Das sind etwa 16 Prozent des gesamten Erdölimports der USA. Zudem beträgt die Transportzeit des Erdöls von Afrika in die USA nur etwa die Hälfte der Zeit, die das Öl vom Nahen Osten aus braucht. Betrachtet man alle Küstenländer mit Erdölvorkommen am Kaspischen Meer und in Südamerika sowie andere mögliche Vorkommen, so sind die afrikanischen Länder hinsichtlich der Stabilität und der Kosten für die USA eindeutig am attraktivsten.

Zudem richten sich die meisten Terroranschläge weltweit gegenwärtig gegen westliche Länder, insbesondere die USA. Sollte in Afrika ein US-Militärhauptquartier entstehen, so müsste man die Beziehungen zwischen den USA und Afrika auch aus militärischer Sicht betrachten. Die afrikanischen Länder haben daher Bedenken, dass die Gründung eines US-Militärhauptquartiers in Afrika unter dem Vorwand der Terrorbekämpfung auch auf ihrem Kontinent Terroranschläge nachsichziehen könnte.

Die verschiedenen afrikanischen Regierungen haben seit jeher darauf bestanden, dass die Fragen und Probleme in Afrika ausschließlich von der Afrikanischen Union gelöst werden. Die weltweite Terrorbekämpfung wird daher von vielen nur als ein Vorwand der USA betrachtet, um auf dem afrikanischen Kontinent Fuß fassen zu können. Dahinter vermutet man eine geplante militärische Expansion mit dem Ziel der Kontrolle der natürlichen Ressourcen. Das ist wohl der Hauptgrund für die ablehnende Haltung der afrikanischen Länder. Ein Experte eines Sicherheitsinstituts im südafrikanischen Pretoria sagte, die afrikanischen Länder seien hauptsächlich an einer weiteren wirtschaftlichen Entwicklung interessiert. Die militärische Präsenz der USA könne die Armut in Afrika nicht lösen. Der Aufbau eines US-Militärhauptquartiers in Afrika sei daher keine richtige Hilfe für die dortigen Länder.